(Değişik: 7/2/1983- KHK 56/8 md.; Aynen kabul: 23/5/1984-3009/9 md.)
İSKİ Genel Müdürü İstanbul Büyük Şehir Belediye Başkanının teklifi üzerine Çevre ve Şehircilik Bakanı tarafından atanır.
Yönetim Kurulu üyelerinde aranan şartlar Genel Müdürlüğe atanacaklarda da aranır.
Genel Müdürlük hizmetlerinin yürütülmesinde Genel Müdüre yardımcılık etmek ve sayıları 4'ü geçmemek üzere yeteri kadar genel müdür yardımcısı bulunur.
Genel Müdür yardımcıları Genel Müdürün teklifi üzerine İstanbul Büyük Şehir Belediye Başkanının onayı ile atanırlar.
Genel müdür yardımcılarının hizmet alanı ile ilgili konularda yükseköğrenim görmüş ve en az 10 yıl uzmanlık dallarında görev yapmış olmaları gerekir.
Genel Müdürün görevleri şunlardır:
a) İSKİ'nin bu Kanun hükümlerince ve amacı doğrultusunda çalışmasını ve yönetilmesini sağlamak,
b) İdare ve yargı organlarında üçüncü kişilere karşı İSKİ'yi temsil etmek,
c) Yönetmelikleri, yıllık bütçe, beş yıllık plan ve yıllık yatırım programlarını, bilanço ve personel kadro taslaklarını hazırlayıp yönetim kuruluna sunmak,
d) Bütçe, iş ve yatırım programları uyarınca harcama yapmak,
e) 23 üncü maddeye göre çıkarılacak yönetmeliğe uygun olarak su satışına ve kullanılmış suların uzaklaştırılması giderlerine ilişkin tarifeyi hazırlayıp yönetim kuruluna sunmak,
f) Gerektiğinde Yönetim Kurulu kararı ile kuruluşta yeni düzenlemeler yapmak,
g) Alım, satım ve ihale işlerinin hazırlıkları ile yönetim kurulunun vereceği yetki dahilinde alım, satım, ihale ve kira işlerini yapmak, bunlardan yetkisi dışında kalanları yönetim kuruluna sunmak,
h) Genel Kurul ve Yönetim Kurulu kararlarını uygulamak,
ı) Yönetim Kurulunca atamalar dışında kalan memurları atamak ve işçi almak,
j) Karara bağlanmasını gerekli gördüğü konu ve önerileri yönetim kuruluna veya Genel Kurula sunmak.
Genel Müdür, yetkilerinden uygun gördüklerini yardımcılarına devredebilir. Bu gibi hallerde genel müdür yardımcıları yetkili bulundukları hizmet konularından doğrudan sorumludur. Ancak, bu durum Genel Müdürün sorumluluğunu kaldırmaz.