Boğaziçi Alanında inşaat ruhsatı alınmadan yapılan yapıların tamamı, inşaat ruhsatı ve eklerine ve imar mevzuatına aykırı yapılan yapıların aykırı kısım ve bölümleri, bu Kanunun 13 üncü maddesine göre yıktırılmakla beraber, yapı sahipleri, fenni mesulleri ve müteahhitleri bir aydan altı aya kadar hapis ve 200.000 liradan 500.000 liraya kadar ağır para cezası ile cezalandırılır. Bu fiillerin tekrar edilmesi halinde söz konusu kimselere verilecek cezalar 1/3'ünden az olmamak üzere üç katına kadar artırılır. Fenni mesullere ayrıca bir yıla kadar meslekten men cezası verilir.
İmar mevzuatına ve bu Kanuna aykırı ruhsat verenler, verilmesine müsaade edenler, bu Kanunla verilen görevleri ve bu görevleri belirtilen süre içinde yapmayanlar veya görevini kötüye kullananlar fiilleri daha ağır bir cezayı gerektirmediği takdirde bir yıldan üç yıla kadar hapis cezası ile cezalandırılır.
Boğaziçi Alanında tarihi ve doğal güzelliklerin yoğunlaştığı kıyı, sahil şeridi ve öngörünüm bölgesinde doğal yapıyı tahrip eden veya niteliğini bozanların fiilleri daha ağır bir cezayı gerektirmediği takdirde iki aydan bir yıla kadar hapis ve 200.000 liradan 500.000 liraya kadar ağır para cezası ile cezalandırılır. Ayrıca, bu filleri işleyenler, doğal yapıyı en geç bir yıl içinde aslına uygun hale getirmekten sorumludurlar. Aksi halde doğal yapı Boğaziçi İmar Müdürlüğünce, masrafları iki katı ile failden ve mal sahibinden müteselsilen tahsil edilerek aslına uygun hale getirilir.