Boğaziçi İmar Yüksek Koordinasyon Kurulu; Başbakan veya görevlendireceği Devlet Bakanı ve Başbakan Yardımcısının başkanlığında, İmar ve İskan Milli Savunma, Maliye, İçişleri, Bayındırlık, Sağlık ve Sosyal Yardım, Ulaştırma, Tarım ve Orman, Kültür ve Turizm, Sanayi ve Teknoloji, Enerji ve Tabii Kaynaklar bakanlarından oluşur. Gerektiğinde ilgili kurum ve kuruluşların temsilcileri kurul toplantılarına çağrılabilir.
Kurulun sekreterya hizmeti İmar ve İskan Bakanlığınca yürütülür.
Boğaziçi İmar Yüksek Koordinasyon Kurulu yılda en az iki defa toplanır ve çalışma esasları Başbakanlıkça belirlenir.
Boğaziçi İmar Yüksek Koordinasyon Kurulunun görevleri şunlardır:
a) Boğaziçi imar planlarının yapılmasını kararlaştırmak, imar planlarını ve diğer ilgili planları görüşmek ve kabul etmek,
b) Boğaziçi imar uygulama programlarını onaylamak,
c) Boğaziçi imar uygulama programları gereği kamu yatırımlarını planlamak ve Bakanlar Kurulunun onayına sunmak,
d) Boğaziçi İmar Müdürlüğünün mali yardım isteklerini incelemek ve karara bağlamak,
e) İmar ve İskan Bakanlığınca getirilen Boğaziçi Alanı ile ilgili konuları görüşmek ve kararlaştırmak.