İstanbul Belediyesine bağlı kamu tüzelkişiliğine sahip Boğaziçi İmar Müdürlüğü; Boğaziçi İmar Müdürü, en çok üç müdür yardımcısı ile gerekli planlama, plan uygulama, yapı kontrol, idare ve destek birimlerinden oluşur.
Boğaziçi Alanında bu Kanunun amacına uygun olarak faaliyetlerin planlanmasından, koordinesinden ve uygulanmasından, Boğaziçi Alanının genel görünüm ve estetiğinin ve tarihi ve doğal mimari özelliklerinin korunmasından birinci derecede sorumlu olan Boğaziçi İmar Müdürü, en az lisans düzeyinde yükseköğrenim görmüş kişiler arasından, İstanbul Belediye Başkanının inhası, İstanbul Valisinin teklifi üzerine İmar ve İskan Bakanlığınca atanır. Müdür yardımcıları, Müdürde aranan şartları taşıyan kişiler arasından aynı usulle atanır. Diğer görevlilerin atanması genel hükümlere göre yapılır.
Boğaziçi İmar Müdürlüğünde görevli müdür ve yardımcıları ile diğer görevliler 657 sayılı Devlet Memurları Kanunu hükümlerine tabidir.
Boğaziçi İmar Müdürlüğünün görevleri şunlardır;
a) Boğaziçi imar planlarını ve Boğaziçi Alanında bu Kanunun amacına uygun yatırımları ve ilgili diğer faaliyetleri düzenleyen imar uygulama programlarını ve ilgili diğer planları hazırlamak ve Belediye Başkanlığına sunmak.
b) Boğaziçi İmar Müdürlüğünün bütçesini hazırlamak. Belediye Başkanının muvafakatı ile İmar İdare Heyetine sunmak.
c) Boğaziçi Alanında imar uygulamalarını, ruhsat ve izin işlemlerini yürütmek.
d) Boğaziçi Alanında yapıları ve inşaatları kontrol etmek.
e) İmar mevzuatına aykırı yapılar hakkında alınan yıkım kararlarını uygulamak.
f) Bu Kanunla verilen diğer görevleri yapmak.