(Ek: 25/12/2003-5035/44 md.)
(Değişik fıkra: 16/2/2016-6676/14 md.) Yönetici şirketlerin bu Kanun uygulaması kapsamında elde ettikleri kazançlar ile Bölgede faaliyet gösteren gelir ve kurumlar vergisi mükelleflerinin, münhasıran bu Bölgedeki yazılım, tasarım ve AR-GE faaliyetlerinden elde ettikleri kazançları 31/12/2028 tarihine kadar gelir ve kurumlar vergisinden müstesnadır.
(Ek fıkra: 18/6/2017-7033/64 md.) Bölgede faaliyet gösteren gelir ve kurumlar vergisi mükelleflerinin bu kazançlarının gayri maddi hakların satılması, devri veya kiralanmasından elde edilmesi halinde, istisnadan yararlanılmasını, bu hakların, mahiyetlerine göre, AR-GE faaliyetleri neticesinde elde edilmesi ve ilgili mevzuat çerçevesinde tescil veya kayıt ettirilmesi ya da bildirilmesi şartına bağlamaya, istisnadan kazancın elde edildiği vergilendirme dönemine ilişkin beyannamelerin verilmesi gereken sürenin sonuna kadar tescil veya kayıt için yetkili kuruma başvurulmuş olması kaydıyla bu kazançları doğuran işlemlerin gerçekleştirildiği vergilendirme döneminden başlayarak faydalandırmaya, mükellefin gayri maddi hak geliri ve varsa bağlı olduğu grubun satış hasılatına göre tescil şartına bağlı olmaksızın belgelendirme usulüne tabi tutmaya, istisnadan yararlanacak kazancı; bu kazancın elde edilmesine yönelik faaliyetler kapsamında gerçekleştirilen nitelikli harcamaların toplam harcamalara oranına isabet eden kısmı ile sınırlandırmaya, bu oranı toplam harcama tutarını aşmamak üzere yüzde 30’una kadar artırımlı uygulatmaya, nitelikli ve toplam harcamaları tanımlamaya Cumhurbaşkanı, bu kapsamda tescil, kayıt veya bildirim şartının yerine getirilmesine ve uygulamaya ilişkin usul ve esasları belirlemeye Hazine ve Maliye Bakanlığı ile Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı yetkilidir. (Ek cümle: 21/3/2018-7103/51 md.) Belirlenen esaslar çerçevesinde tescil, kayıt veya bildirim şartının yerine getirilmemesi durumunda, zamanında tahakkuk ettirilmeyen vergi, vergi ziyaı cezası uygulanmaksızın gecikme faiziyle birlikte tahsil olunur.
(Değişik fıkra: 16/2/2016-6676/14 md.) (Değişik cümle:28/1/2021-7263/7 md.) 31/12/2028 tarihine kadar, bölgede çalışan AR-GE, tasarım ve destek personelinin bu görevleri ile ilgili ücretlerinin brüt asgari ücretin kırk katını aşmayan kısmı üzerinden hesaplanan gelir vergisinden 193 sayılı Kanunun 23 üncü maddesinin birinci fıkrasının (18) numaralı bendinde düzenlenen asgari ücret istisnasına isabet eden vergi düşüldükten sonra kalan vergi tutarı; verilecek muhtasar beyanname üzerinden tahakkuk eden vergiden indirilmek suretiyle terkin edilir. (Ek cümle:28/1/2021-7263/7 md.) Bu kapsamdaki ücretlere ilişkin düzenlenen kağıtların brüt asgari ücretin kırk katını aşmayan kısmı damga vergisinden istisnadır. Gelir vergisi stopajı ve sigorta primi işveren hissesine ilişkin teşviklerden yararlanacak olan destek personeli sayısı, AR-GE ve tasarım personeli sayısının yüzde onunu aşamaz. (Ek cümle:28/1/2021-7263/7 md.) Toplam personel sayısı on beşe kadar olan Bölge firmaları için bu oran yüzde yirmi olarak uygulanır. Hak kazanılmış hafta tatili ve yıllık ücretli izin süreleri ile 17/3/1981 tarihli ve 2429 sayılı Ulusal Bayram ve Genel Tatiller Hakkında Kanunda belirtilen tatil günlerine isabet eden ücretler de bu teşvik kapsamındadır. Haftalık kırk beş saatin üzerindeki ve ek çalışma sürelerine ilişkin ücretler için bu teşvikten faydalanılamaz. Yönetici şirket, ücreti gelir vergisi stopajı teşvikinden yararlanan kişilerin Bölgede fiilen çalışıp çalışmadığını denetler. Ancak, Bölgede yer alan işletmelerde çalışan AR-GE ve tasarım personelinin bu Bölgelerde yürüttüğü projelerle doğrudan ilgili olmak şartıyla, proje kapsamındaki faaliyetlerin bir kısmının Bölge dışında yürütülmesinin zorunlu olduğu durumlarda Bölge dışındaki bu faaliyetlere ilişkin ücretlerinin yüzde yüzünü aşmamak şartıyla Cumhurbaşkanınca ayrı ayrı veya birlikte belirlenecek kısmı ile Bölgede yer alan işletmelerde (…)15 çalışan AR-GE ve tasarım personelinin yüksek lisans yapanlar için bir buçuk yılı, doktora yapanlar için iki yılı geçmemek üzere Bölge dışında geçirdiği sürelere ilişkin ücretlerin yüzde yüzünü aşmamak şartıyla Cumhurbaşkanınca ayrı ayrı veya birlikte belirlenecek kısmı, gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında değerlendirilir. (Ek cümleler:28/1/2021-7263/7 md.) (Değişik dokuzuncu ve onuncu cümleler:21/12/2021-7346/20 md.) Buna ilave olarak gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında Bölgede çalışan personelin toplam sayısının veya teşvike konu edilen toplam çalışma sürelerinin yüzde yirmisini aşmamak kaydıyla bu fıkrada belirtilen durumlar haricinde Bölge dışında geçirilen süreler de gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında değerlendirilir. Cumhurbaşkanı, yüzde yirmi olarak belirlenen bu oranı belirleyeceği bölgesel ve/veya sektörel alanlarda ya da meslek gruplarına göre yüzde yüze kadar artırmaya veya tekrar kanuni oranına kadar indirmeye yetkilidir. Bu kapsamda teşvikten yararlanılması için Bölge yönetici şirketinin onayının alınması ve Bakanlığın bilgilendirilmesi zorunludur. Yönetici şirketin onayı ile Bölge dışında geçirilen sürenin Bölgede yürütülen görevle ilgili olmadığının tespit edilmesi halinde, ziyaa uğratılan vergi ve buna ilişkin cezalardan ilgili işletme sorumludur.
(Ek fıkra: 30/12/2004-5281/41 md.) Bu madde hükümleri TÜBİTAK-Marmara Araştırma Merkezi Teknoloji Serbest Bölgesi yönetici şirketi, bu bölgede faaliyet gösteren Gelir ve Kurumlar Vergisi mükellefleri ile bölgede çalışan araştırmacı, yazılımcı, tasarımcı ve AR-GE personelinin bu görevleri ile ilgili ücretleri bakımından da uygulanır.