Disiplin mahkemelerinin kurulup fiilen göreve başladıkları tarihte askeri savcılıklarla askeri mahkemelerde bulunan ve henüz neticelendirilmemiş olan soruşturma ve dava dosyalarından disiplin mahkemelerinin görevi içine giren suçlara aid olanlar, görevsizlik karariyle, nezdinde disiplin mahkemesi kurulan yetkili kıta komutanı veya askeri kurum amirine gönderilir.
Duruşma safhasında olan dosyalar için yeniden iddianame düzenlenmeden dava dosyası görevli disiplin mahkemesine verilir.