Bu kanunda aksine hüküm bulunmıyan hallerde Askeri Ceza Kanunu ile Askeri Mahkemeler Kuruluşu ve Yargılama Usulü Kanunu hükümleri disiplin mahkemelerinde de uygulanır.
(Ek fıkra: 31/3/2005 – 5329/2 md.; Değişik ikinci fıkra: 26/2/2008-5739/2 md.) Bu Kanunda açıkça belirtilmediği sürece, 26/9/2004 tarihli ve 5237 sayılı Türk Ceza Kanununun Birinci Kitap Üçüncü Kısım Birinci Bölüm hükümleri ve zamanaşımı süresine ilişkin hükümleri, 4/12/2004 tarihli ve 5271 sayılı Ceza Muhakemesi Kanununun hükmün açıklanmasının geri bırakılmasına ilişkin hükümleri ile 13/12/2004 tarihli ve 5275 sayılı Ceza ve Güvenlik Tedbirlerinin İnfazı Hakkında Kanun hükümleri, disiplin suç ve cezaları hakkında uygulanmaz.