Üye sayısı Danışma Kurulunun teklifi üzerine Genel Kurulca belirlenecek Avrupa Birliği Uyum Komisyonunda; siyasi parti grupları ile bağımsızlar Meclisteki sayılarının- boş üyelikler hariç- üye tamsayısına nispet edilmesi ile bulunacak yüzde oranına uygun olarak temsil edilirler. Siyasi parti grupları, Türkiye-Avrupa Birliği Karma Parlamento Komisyonu üyelikleri için adaylarını Avrupa Birliği Uyum Komisyonu üyeleri arasından bildirir.
Avrupa Birliği Uyum Komisyonu üyeleri belirlenirken İngilizce veya Fransızcayı anlama, konuşma ve yazma düzeylerinde iyi bilen, Avrupa Birliği hukuku alanında uzman milletvekillerine öncelik tanınır.
Bu Komisyon üyelikleri için, bir yasama döneminde iki seçim yapılır. (Değişik ikinci cümle: 1/12/2011-6253/41 md.) İlk seçilenlerin görev süresi iki yıldır, ikinci devre için seçilenlerin görev süresi ise o yasama döneminin sonuna kadar devam eder.
Komisyon, siyasi parti gruplarının yüzde oranlarına göre bir başkan, iki başkanvekili, bir sözcü ve bir katip seçer. Bu seçim, üye tamsayısının salt çoğunluğuyla toplanan Komisyonun, toplantıya katılanlarının salt çoğunluğunun gizli oyuyla yapılır.