Bu Kanuna göre yetkili mercilere ve mahkemelere bilgi verildiği takdirde yetkili merciler ve mahkemeler bunu derhal ve gizlilik kaydı ile İçişleri Bakanlığına bildirirler.
Bu Kanunun uygulaması bakımından mahkeme, verilen bilgi ve açıklamanın doğruluğunu ayrıca İçişleri Bakanlığı vasıtasıyla araştırır. Mahkeme verilen bilgi ve açıklamaların araştırılması bakımından sanığın tüm aşamalardaki ifade ve açıklamalarının yer aldığı bir dosyayı İçişleri Bakanlığına gönderir. İçişleri Bakanlığı mahkemenin yazısı üzerine, konuyu en kısa zamanda inceleyerek mahkemeye gerekçeli bir rapor verir.
Verilen bilginin doğruluğunun araştırılması bakımından zorunlu görülen hâllerde hükümlü veya tutuklular, araştırmayı yürütmekle görevli makamın isteği ve savcının talebiyle, hükümlü veya tutuklunun rızası alınmak koşuluyla hükümlü veya tutuklunun bulunduğu yerdeki mahkemenin kararıyla ceza infaz kurumu veya tutukevinden alınabilirler. Zabıta muhafazasında kalınacak süre, işin niteliğine göre mahkemece tespit olunur. Hâkim, her defasında karar vermeden önce hükümlü veya tutukluyu dinler. Ancak bu süre her defasında dört günü, hiçbir surette onbeş günü geçemez. Bu süre hükümlülük ve tutuklulukta geçmiş sayılır. Hükümlü veya tutuklunun sağlık durumu, ceza infaz kurumu veya tutukevinden ayrılış ve dönüşlerinde doktor raporuyla tespit edilir. Zabıta muhafazasında kalınan sürede yapılan işlemlere ilişkin belgelerin bir örneği, ilgilinin dosyasında muhafaza edilmek üzere İçişleri Bakanlığına gönderilir.
Bu Kanunun uygulandığı hâllerde, mahkemece gerekli görülürse infazın tehirine karar verilebilir.
Bu Kanun hükümlerinden yararlananlar hakkındaki hükmün bir örneği, kesinleşmesini takiben mahkemece İçişleri Bakanlığına gönderilir.
30.7.1999 tarihli ve 4422 sayılı Çıkar Amaçlı Suç Örgütleriyle Mücadele Kanununun 7 nci maddesi kapsamına giren ve koruma tedbiri uygulanacak kişilerle ilgili işlemler esnasında, bu Kanunla düzenlenen koruma tedbirleri kapsamında bulunup bulunmadıkları ilgili tanık koruma birimlerince araştırılır.