Bu maddenin yürürlüğe girmesinden önce malî işlemleri Maliye Bakanlığı tarafından yürütülmekte olan kamu idarelerinde, malî yönetim ve kontrol sistemi kuruluncaya kadar, bu Kanun uyarınca yapılması gereken görevler, Maliye Bakanlığının birimleri tarafından yürütülür. Maliye Bakanlığınca belirlenecek kriterlerin yerine getirilmesi durumunda, bu kamu idarelerine yetki devri, Maliye Bakanlığının önerisi üzerine idareler itibarıyla gerçekleştirilir.
Diğer kamu idarelerinde, bu Kanunun öngördüğü malî yönetim ve kontrol sürecine ilişkin görevler, malî yönetim ve kontrol sistemi kuruluncaya kadar, görev ve yetki bakımından benzeri birim ve görevliler tarafından yürütülür. Bu kamu idarelerinde görev ve yetki bakımından benzeri birim ve görevliler, Maliye Bakanlığının uygun görüşü üzerine ilgili üst yönetici tarafından belirlenir.
Maliye Bakanlığı, rehberlik ve koordinasyon görevleri çerçevesinde, kamu idarelerinde malî yönetim ve kontrol sistemlerinin oluşturulmasına yardımcı olur.
Geçiş dönemi 31.12.2007 tarihini geçemez.