Bu Kanunun yürürlüğe girdiği tarihte Devlet güvenlik mahkemeleri ve Devlet güvenlik mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılıklarının yetki ve görevleri sona erer.
Bu Kanunun yürürlüğe girdiği tarihte görevde bulunan Devlet güvenlik mahkemesi başkanı, asıl ve yedek üyeleri bu Kanunla 1412 sayılı Kanuna eklenen 394/a maddesi gereğince Hâkimler ve Savcılar Yüksek Kurulunca görevlendirilecek veya kurulacak ağır ceza mahkemelerine ilk atamalar yapılıncaya ve atananlar görevlerine başlayıncaya kadar sırasıyla; ağır ceza mahkemesi başkan ve üyeleri sıfatıyla; Devlet güvenlik mahkemesi Cumhuriyet Başsavcısı ve Cumhuriyet savcıları da 1412 sayılı Kanunun 394/a maddesinde belirtilen suçları soruşturmak ve kovuşturmak üzere Cumhuriyet savcısı sıfatıyla görevlerine devam ederler ve başka bir göreve atanmalarına Hâkimler ve Savcılar Yüksek Kurulunca karar verilebilir. Hâkimler ve Savcılar Yüksek Kurulunca bu Kanun hükümlerine göre yapılacak görevlendirme ve atamalar, bu Kanunun yürürlüğe girdiği tarihten itibaren onbeş gün içinde gerçekleştirilir.
1412 sayılı Kanunun 394/a maddesinde belirtilen suçların soruşturma ve kovuşturmasında görevlendirilen Cumhuriyet savcıları ile aynı maddede belirtilen ağır ceza mahkemelerinin başkan ve üyeleri disiplin sebepleri hariç meşru mazeretleri ve talepleri olmadıkça üç yıl süre ile başka bir yere veya göreve atanamazlar. Bu görev süresinin tespitinde, Devlet güvenlik mahkemesi ve Cumhuriyet Başsavcılıklarındaki görevlerine son atanma tarihleri nazara alınır. Görev süresi dolanlar tekrar atanabilirler.