Bölge adliye mahkemesi başkanı, daire başkanları, üyeleri, Cumhuriyet başsavcısı ve Cumhuriyet savcılarının görevden doğan veya görev sırasında işlenen suçları ile şahsî suçlarından, sıfat ve görevleri gereklerine uymayan tutum ve davranışlarından dolayı haklarında yapılacak soruşturma ve kovuşturmalarda özel kanunlarında yazılı hükümler uygulanır.
Şu kadar ki, bunların görevden doğan veya görev sırasında işledikleri suçlar nedeniyle soruşturma ve kovuşturma mercii olarak kanunda yazılı ağır ceza mahkemesi ile bu mahkeme nezdindeki Cumhuriyet başsavcısına verilen görevler, en yakın bölge adliye mahkemesi ceza dairesinin suç türüne göre görevli ceza dairesi ile bu mahkeme nezdindeki Cumhuriyet başsavcısı tarafından yerine getirilir. Kovuşturma mercii Yargıtayın görevli ceza dairesidir.
Bölge adliye mahkemesi başkanı, daire başkanları, üyeleri, Cumhuriyet başsavcısı ve Cumhuriyet savcılarının şahsî suçları hakkında genel hükümlere göre yapılacak soruşturma ve kovuşturma görevi, en yakın bölge adliye mahkemesi Cumhuriyet başsavcısı ile bu bölge adliye mahkemesi ceza dairesinin suç türüne göre görevli ceza dairesine aittir. (Ek cümle: 18/6/2014-6545/53 md.) Daire kararlarına karşı 4/12/2004 tarihli ve 5271 sayılı Ceza Muhakemesi Kanununun 272 nci maddesinde yer alan hükümler çerçevesinde temyiz başvurusu yapılabilir.
(Ek fıkra: 17/4/2017-KHK-690/3 md.; Aynen kabul: 1/2/2018-7077/2 md.) Soruşturma aşamasında hâkim kararı gerektiren işlemlere dair Cumhuriyet başsavcılığının talepleri ile kovuşturmaya yer olmadığına dair kararlara yapılan itirazlar hakkında, soruşturma konusu suçların en ağırına bakmakla görevli bölge adliye mahkemesi ceza dairesini numara itibarıyla izleyen ceza dairesi başkanı tarafından karar verilir. Suçun son numaralı ceza dairesinin görevine girmesi halinde talebi inceleme yetkisi birinci ceza dairesi başkanına aittir. Hâkim kararı gerektiren işlemlerde başkanın verdiği kararlara karşı yapılan itirazı, numara itibarıyla izleyen ceza dairesi başkanı inceler. Son numaralı daire başkanının kararı, birinci ceza dairesi başkanı tarafından incelenir.
(Ek fıkra: 17/4/2017-KHK-690/3 md.; Aynen kabul: 1/2/2018-7077/2 md.) Bölge adliye mahkemesi Cumhuriyet savcıları ile ceza dairelerinin idarî yaptırım kararı verme yetkisi bakımından 30/3/2005 tarihli ve 5326 sayılı Kabahatler Kanununun 22 ila 31 inci maddeleri uygulanır. Cumhuriyet savcısının verdiği idarî yaptırım kararlarına karşı bölge adliye mahkemesi ceza dairesine başvurulabilir.