Bu Kanunun uygulanmasında; organik tarım faaliyetlerinin her türlü kontrol ve sertifikalandırma işlemleri, Bakanlıkça veya Bakanlıkça yetkilendirilmiş kuruluşlarca yapılır. Yetkilendirilmiş kuruluşlar, yeterli ve tecrübeli personel ile teknik alt yapıya sahip olmak zorundadır.
Kontrol ve sertifikasyon kuruluşu veya sertifikasyon kuruluşu tarafından sertifikalandırılmamış ürünler, organik ürün veya organik girdi adı altında satılamaz.
Kontrol ve sertifikasyon kuruluşu veya sertifikasyon kuruluşu organik olmayan tarımsal ürün ve girdilere, organik ürün veya organik girdi sertifikası veremez.
Yetkilendirilmiş kuruluşlar ile kontrolör ve sertifikerler, Bakanlıktan çalışma izni almak zorundadır. Yetkilendirilmiş kuruluşların çalışma izni bittiğinde, Bakanlıktan süre uzatımı almadan tekrar faaliyette bulunamazlar.
Bakanlık tarafından verilen çalışma izni devredilemez.
Kontrol ve sertifikasyon kuruluşu, kontrol ve sertifikasyon olmak üzere iki ayrı birimden oluşur. Kontrol biriminde görev yapanlar sertifikasyon biriminde, sertifikasyon biriminde görev yapanlar da kontrol biriminde görev yapamazlar.
Yetkilendirilmiş kuruluşlar, bu Kanuna uygun olarak çıkarılacak yönetmelikte belirlenen dönemlerde Bakanlığa rapor vermek, bilgi ve belgelerini Bakanlık yetkililerine göstermek zorundadırlar.
Yetkilendirilmiş kuruluşlar ile kontrolör ve sertifikerlerin; çalışma izni, izin süresi, süre uzatımı, izinlerinin iptali, görev ve yetkileri, yetki kullanımı, kontrol ve sertifikasyon sistemi ile kontrolör ve sertifiker çalıştırmaya ilişkin usul ve esaslar, Bakanlık tarafından çıkarılacak yönetmeliklerle belirlenir.