Bu Kanunun uygulanması bakımından genel koordinasyon görevi Bakanlığa aittir. Bu Kanunla yetkili kılınan kurum ve kuruluşlar, bu Kanun kapsamında elde ettikleri bilgiler ile yapılan işlemleri gecikmeksizin Bakanlığa bildirmekle yükümlüdürler.
Acil müdahale plânlarının hazırlanması, kıyı alanlarında acil müdahale plânlarının uygulanması, kirlenmenin türü ve etkilerinin belirlenmesi, çevreye olan zararların tespiti ve olay sonrası kirlilikten etkilenen alanların rehabilitasyonuna ilişkin yetki, görev ve sorumluluklar Bakanlığa; deniz araçlarından kaynaklanan deniz kirliliğinin önlenmesine yönelik acil müdahale plânlarının uygulanması, hazırlıklı olma, kirliliğe müdahale, zararların tazmini ve malî sorumluluk garantilerinin bildirimi konularında icraya ilişkin yetki, görev ve sorumluluklar Müsteşarlığa; asayiş ve kolluk görevlerine ilişkin yetki, görev ve sorumluluklar Sahil Güvenlik Komutanlığına aittir.