Esnaf ve sanatkârlar meslek kuruluşlarının işlemlerini, mevzuat, ana sözleşmeleri ve yönetim kurulu kararları doğrultusunda yürütmekle görevli bir genel sekreter bulunur. Genel sekreterler birden fazla esnaf ve sanatkârlar meslek kuruluşunda görev yapamazlar. Genel sekreter yönetim kurulu toplantılarına katılır, ancak oy kullanamaz. İhtiyaç duyulması halinde onbinden fazla üyesi olan odalar ile birlik ve federasyonlarda bir, Konfederasyonda üç genel sekreter yardımcısı çalıştırılabilir.
Giderler, başkan veya vekili ile genel sekreterin ortak imzasıyla yapılır. Esnaf ve sanatkârlar meslek kuruluşları adına yazılacak yazılar da aynı şekilde imzalanır. Ancak, yönetim kurulu kuruluş içi konularda genel sekretere tek başına imza yetkisi verebilir. Konfederasyon genel sekreteri, yönetim kurulunun izni ile harcama yetkisi dahil, görev ve yetkilerinden bir bölümünü her yıl başında yeniden tespit edilmek kaydıyla yardımcılarına devredebilir.
Genel sekreterin atanması, terfi, cezalandırılması ve görevine son verilmesi yönetim kurulu kararı ile yapılır. Yönetim ve denetim kurulu üyeleri ve bunların eşleri, çocukları ve çocuklarının eşleri genel sekreter olarak atanamaz. Genel sekreterin tezkiye amiri ise ilgili meslek kuruluşunun başkanıdır.
Genel sekreter, personelin birinci tezkiye amiri olup personelin atanma, terfi, cezalandırma ve işten uzaklaştırma işlemleri teklifi üzerine yönetim kurulunca yapılır.
Birlik genel sekreterleri birliğe üye odaların genel sekreterleri ile temmuz ve aralık aylarında, birlik başkanının gözetiminde yılda en az iki defa eğitim ve değerlendirme toplantısı yaparlar.
Genel sekreter ve genel sekreter yardımcısı olarak atanacakların 657 sayılı Devlet Memurları Kanununun 48 inci maddesindeki genel şartları taşımaları gerekli olup; bu şartları taşımayanlar, genel sekreter ve genel sekreter yardımcısı olarak atanamaz. Bu şartları taşımadıkları sonradan anlaşılanların ise görevlerine son verilir.
Birlik ve federasyon genel sekreter ve yardımcılarının en az iki yıllık yüksek okul mezunu olmaları, oda genel sekreter ve yardımcılarının en az lise ve dengi okul mezunu olması, Konfederasyon genel sekreteri ve yardımcılarının ise, üniversitelerin işletme, iktisat, hukuk, siyasal bilgiler, iktisadi ve idari bilimler fakülteleri mezunu veya muadili bir alanda yüksek tahsil yapmış olması şarttır. Genel sekreterlerin iktisadi ve idari sahada tatbiki bilgi ve tecrübe sahibi olmaları ile yabancı dil bilmeleri tercih sebebidir.