Bu Kanunun uygulamasında denetim görevini Bakanlık, valilikler veya kurullar yapar ya da yaptırır. Bu Kanunda yer alan projeler ve izinlerle ilgili denetimler, proje ve izin onaylarının verilmesinden itibaren iki yıl içerisinde tamamlanarak sonucundan Bakanlık ve kurullara bilgi verilir. Uygulamada etüt, sınıflama, analiz gibi toprak ve arazi ile ilgili teknik konularda denetim görevini Bakanlık yapar veya yaptırır. Kurul üyesi kurum veya kuruluşlar ile sivil toplum kuruluşları tespit ettikleri arazi bozulmaları ve toprak kayıpları ile verilen iznin amacına uygun olmayan faaliyetler hakkında valiliklere ihbarda bulunabilir. Valilikler konuyu inceleyerek, sonucu en geç bir ay içerisinde Bakanlığa ve ihbarı yapana bildirmek zorundadır.
(Ek fıkra:28/10/2020-7255/23 md.) Yapılan denetimler sonucu aykırılık tespit edilmesi halinde bu durum, tapu ayıtlarının beyanlar hanesine kaydedilmek üzere ilgili idaresince tapu dairesine en geç yedi gün içinde yazılı olarak bildirilir. Aykırılığın giderildiğine dair ilgili idaresince tapu dairesine bildirim yapılmadan beyanlar hanesindeki kayıt kaldırılamaz.