Kurumun gelirlerinin, giderlerini karşılaması esastır. Kurum bütçesi 5018 sayılı Kamu Malî Yönetimi ve Kontrol Kanunu hükümlerinde belirlenen usûl ve esaslara göre hazırlanır ve kabul edilir.
Kurumun malî yıl sonunda oluşan gelir fazlaları, izleyen yılın mart ayı içinde genel bütçeye gelir olarak aktarılır. Ancak, Kurum bütçe durumunu göz önünde bulundurarak daha önce de aktarma yapabilir.
(Değişik: 20/6/2013-6493/41 md.) Kurumun bütçe yılı takvim yılıdır. Kurumun giderleri, bankalar, finansal kiralama şirketleri, factoring şirketleri, finansman şirketleri ile tasarruf finansman şirketlerince bütçenin yürürlüğe girmesinden önce katılma payı adı altında Kuruma yapılacak ödemelerle karşılanır. Giderlere katılma payı olarak tahsil olunacak tutar, söz konusu kuruluşların bir önceki yıl sonu bilanço toplamlarının on binde üçünü geçemez. Belirlenen süre içinde ödenmeyen katılma payları 6183 sayılı Kanun hükümlerine göre tahsil edilir.
(Değişik: 24/5/2007-5667/6 md.) Kurumun iç denetimi Kurulca belirlenecek usûl ve esaslar çerçevesinde gerçekleştirilir. Kurumun dış denetimi hakkında 5018 sayılı Kamu Malî Yönetimi ve Kontrol Kanunu hükümleri uygulanır.
Kurul, Kurumun yıllık hesaplarını bir bağımsız denetim şirketine denetletebilir ve bu durumda bağımsız denetim raporu faaliyet raporu içinde derc edilerek yayımlanır.
Kurum faaliyetlerine ilişkin olarak her yılın mart ayı sonuna kadar bir önceki yıla ait kararları, yaptığı ikincil düzenlemeler ile bunların ekonomik ve sosyal etkilerini analiz eden bir faaliyet raporu hazırlar. Faaliyet raporu, ayrıca Kurumun performans hedefleri ile uygulama sonuçlarının karşılaştırılmasını ve değerlendirilmesini de içerir.
Kurumun yıllık faaliyet raporu, malî tabloları ve bütçe kesin hesabı Türkiye Büyük Millet Meclisine sunulur. Kesinhesabın bir örneği de Maliye Bakanlığına gönderilir.
Kurum, faaliyetleri hakkında internet ortamı ve resmî bültenler aracılığıyla kamuoyunu azamî ölçüde bilgilendirir.