Bu Kanunun uygulaması ile ilgili olarak, bu Kanunda ve diğer kanunlarda öngörülen suçlardan dolayı açılan ceza davalarında bilirkişi, raporunu dosyanın kendisine verildiği tarihten başlayarak üç ay içinde mahkemeye verir. Bu süre hâkim tarafından iki aya kadar uzatılabilir. Bu süre içerisinde de rapor mahkemeye verilmediği takdirde görev, ücret ödenmeksizin bilirkişiden alınır ve yeni bilirkişi atanır. Bilirkişilik görevi bu şekilde kendisinden alınan kişiler, bir yıl süreyle bu Kanun kapsamında hiçbir davada bilirkişi olarak atanamazlar. Bu kişiler, raporların süresinde verilmemesinin sebep olduğu masrafları ödemeye ve ayrıca beşyüz güne kadar adlî para cezasına mahkûm edilirler. Dosyanın bilirkişiye tevdi tarihinde dava zamanaşımı süresi durur. Bilirkişinin raporunu mahkemeye verdiği tarihten itibaren bu süre kaldığı yerden işlemeye devam eder.
Kurum, Fon, Fon bankaları ile bankaların iflas idareleri tarafından açılan hukuk davalarında gerekli görülen hâllerde, yaptırılacak bilirkişi incelemelerinde bilirkişi, raporunu dosyanın kendisine verildiği tarihten başlayarak üç ay içinde mahkemeye verir. Bu süre hâkim tarafından iki aya kadar uzatılabilir. Bu süre içerisinde de rapor mahkemeye verilmediği takdirde görev, ücret ödenmeksizin bilirkişiden alınır ve yeni bilirkişi atanır. Bilirkişilik görevi bu şekilde kendisinden alınan kişiler, bir yıl süreyle bu Kanun kapsamında hiçbir davada bilirkişi olarak atanamazlar. Bu kişiler, raporların süresinde verilmemesinin sebep olduğu masrafları ödemeye ve ayrıca beşyüz güne kadar adlî para cezasına mahkûm edilirler.