(1) Vakıf aşağıdaki organlardan oluşur:
a) (Değişik: 6/12/2017 – 7063/8 md.) Mütevelli Heyet: Mütevelli Heyet, Vakfın karar organıdır. Kültür ve Turizm Bakanı, Kültür ve Turizm Bakanlığı Müsteşarı, Dışişleri Bakanlığı Müsteşarı, Maliye Bakanlığı Müsteşarı ve Millî Eğitim Bakanlığı Müsteşarı heyetin tabii üyeleridir. Heyetin tabii üyeleri dışında; Cumhurbaşkanı tarafından seçilen beş kişi ve Türkiye Maarif Vakfı tarafından kendi mütevelli heyeti üyeleri arasından seçilen bir kişi üç yıl süreyle Mütevelli Heyet üyeliğini yürütür. Kültür ve Turizm Bakanı, Mütevelli Heyetin başkanı; Kültür ve Turizm Bakanlığı Müsteşarı, başkan vekilidir. Mütevelli Heyet, başkanın ya da başkan vekilinin daveti üzerine üye tamsayısının yarısından bir fazlasının katılımıyla yılda en az iki defa toplanır.
b) (Değişik: 6/12/2017 – 7063/8 md.) Yönetim Kurulu: Yönetim Kurulu, Vakfın icra organıdır. Yunus Emre Enstitüsü Başkanı, Türk İşbirliği ve Koordinasyon Ajansı Başkanı, Yurtdışı Türkler ve Akraba Topluluklar Başkanı ve Dışişleri Bakanlığı Yurtdışı Tanıtım ve Kültürel İlişkiler Genel Müdürü Yönetim Kurulunun tabii üyeleridir. Ayrıca, üniversitelerin Türkçe dil öğretim merkezleri başkanları arasından Mütevelli Heyetin seçeceği bir kişi, eğitim, kültür ve sanat alanında faaliyette bulunan ve Cumhurbaşkanınca kamu yararına faaliyet gösterdiği kabul edilmiş dernek veya vergi muafiyeti tanınmış vakıfların üyeleri arasından Mütevelli Heyetin seçeceği bir kişi, uluslararası ilişkiler, iletişim, kültür, sanat ve Türk dili alanında çalışmalarıyla tanınmış kişiler arasından Mütevelli Heyetin seçeceği bir kişi üç yıl süreyle Yönetim Kurulu üyeliğini yürütür. Yunus Emre Enstitüsü Başkanı Yönetim Kurulunun başkanıdır. Yönetim Kurulu, başkanın daveti üzerine üye tamsayısının yarısından bir fazlasının katılımıyla ayda en az bir defa toplanır.
c) Denetleme Kurulu: Bakanlık, Dışişleri Bakanlığı ve Maliye Bakanlığı tarafından görevlendirilecek birer üye ile iktidar ve ana muhalefet partisi tarafından üç yıl süreyle seçilecek birer üyeden oluşur. Maliye Bakanlığı temsilcisi Denetleme Kurulunun başkanıdır.
ç) Danışma Kurulu: Vakfın danışma organı olup, yılda bir kez toplanarak Vakfın bir önceki yıl yaptıklarını değerlendirir ve bir sonraki yıl için önerilerde bulunur. Bakanlık Müsteşarı, Mütevelli Heyeti ve Yönetim Kurulunun seçilmiş üyeleri, Başbakanlık Tanıtma Fonu Genel Sekreteri, Türkiye Radyo ve Televizyon Kurumu Genel Müdürü, Basın Yayın ve Enformasyon Genel Müdürü, Diyanet İşleri Başkanlığı temsilcisi, Danışma Kurulunun tabii üyeleridir. Ayrıca, İşçi Sendikaları Konfederasyonlarının seçeceği birer kişi, İşveren Sendikaları Konfederasyonunun seçeceği üç kişi kültür, sanat, Türk dili ve edebiyatı alanında görev yapan öğretim üyeleri arasından Vakıf Yönetim Kurulunca seçilecek on kişi ile Türk dili, kültürü ve sanatı alanındaki yazar ve düşünürler arasından Vakıf Yönetim Kurulunun seçeceği beş kişi üç yıl süre ile Danışma Kurulu üyeliğini yürütür. Bakanlık müsteşarı Danışma Kurulunun başkanıdır.
(2) Birinci fıkra uyarınca seçimle görevlendirilecek üyeliklerin boşalmasından altı ay önce Bakanlık Resmî Gazetede duyuruda bulunur. Seçimi yapacak merciler asıl ve aynı sayıda yedek üyeyi yedek sıralamasını da belirterek kararlarını ilanı takibeden üç ay içerisinde Bakanlığa bildirir. Bakanlık onbeş gün içerisinde ilgililere tebligat yapar. Bir kişi birden fazla organda asıl veya yedek üye olamaz. Asıl üyeliğin süresinden önce boşalması durumunda, onbeş gün içerisinde, yedek üyelere beş gün süre verilerek göreve başlamaları yedek sırasına göre Vakıf Yönetim Kurulu Başkanınca bildirilir. Süresinde göreve başlamayan yedek üye çekilmiş sayılır ve bir sonrakine tebligat yapılır, yedek üyeler asıl üyeden kalan süreyi tamamlar. Bu fıkranın uygulanması ile ilgili esas ve usûller Bakanlıkça belirlenir.