Mazbut vakıflar, Genel Müdürlük tarafından yönetilir ve temsil edilir.
Mülhak vakıflar, Anayasaya aykırılık teşkil etmeyen vakfiye şartlarına göre Meclis tarafından atanacak yöneticiler eliyle yönetilir ve temsil edilir. Vakıf yöneticileri kendilerine yardımcı tayin edebilirler. Mülhak vakıf yöneticilerinde aranacak şartlar ile yardımcılarının nitelikleri yönetmelikle düzenlenir. Vakfiyedeki şartları taşımamaları nedeniyle kendilerine yöneticilik verilemeyenler bu şartları elde edinceye, küçükler ile kısıtlılar fiil ehliyetlerini kazanıncaya ve boş kalan yöneticilik yenisine verilinceye kadar, vakıf işleri Genel Müdürlükçe temsilen yürütülür.
Cemaat vakıflarının yöneticileri mensuplarınca kendi aralarından seçilir. Vakıf yöneticilerinin seçim usûl ve esasları yönetmelikle düzenlenir.
Esnaf vakıfları, mülhak vakıfların tabi olduğu hükümlere tabidir. Bu vakıflar, esnafın seçtiği yönetim kurulu tarafından yönetilir.
Yeni vakıfların yönetim organı vakıf senedine göre oluşturulur ve bu vakıfların yönetim organlarında görev alanların çoğunluğunun, Türkiye’de yerleşik bulunması gerekir.