(Değişik birinci fıkra : 16/5/1983 - KHK 69/10 md.; Değiştirilerek kabül: 8/1/1985 - 3145/12 md.) Birliğin olağan büyük kongresi her iki yılda bir kere Kasım ayında Ankara'da toplanır. Olağan kongre dışında merkez heyeti veya büyük kongre asıl mümessillerinin üçte birinin yazılı talebi ile olağanüstü de toplanır. Her iki halde de çağırı merkez heyetince yapılır. Olağanüstü büyük kongrenin gündemi, günü, yeri ve saati merkez heyetince bu kanundaki usullere uyularak mümessillere duyurulur. Ancak büyük kongrenin olağanüstü toplanmasını asıl mümessillerin üçte biri istemişse bunların istediği gündem maddesi de gündemde gösterilir.
Kongrenin yapıldığı gün yirmibeş büyük kongre mümessili imzalı bir yazı ile gündeme yeni bir madde ilavesini isteyebilir.
Vazifeleri şunlardır:
a) Merkez heyetinin ve murakıplarının yıllık çalışma raporlarını incelemek,
b) Merkez heyetinin bilançosunu tetkik ve kabulü halinde ibra etmek,
c) Bütçeyi tasdik etmek,
d) Merkez heyeti azasını seçmek,
e) Yüksek Haysiyet Divanı azasını seçmek,
f) Üç asıl ve üç yedek murakıp seçmek,
g) Merkez heyetince teklif olunan mevzuları müzakere etmek,
h) Eczacı odalarının ihtiyaçlarını tesbit etmek,
i) Eczacı odalarının içişlerini müzakere etmek,
j) Eczacı odalarının merkez heyetine gönderdikleri yıllık çalışma raporları hakkında bilgi edinmek,
k) (Değişik : 23/2/1995 - 4078/11 md.) Kongreye arz edilen dilekleri müzakere ve yapılması gereken işleri tesbit etmek ve uyulması mecburi mesleki kararlar almak.