(1) Fonun Yönetim Kurulu; Hazine ve Maliye Bakanı başkanlığında, Çevre, Şehircilik ve İklim Değişikliği Bakanı, Enerji ve Tabii Kaynaklar Bakanı, Tarım ve Orman Bakanı, İçişleri Bakanı, Ulaştırma ve Altyapı Bakanı ile Strateji ve Bütçe Başkanından oluşur.
(2) Fon, Yönetim Kurulunun kararları çerçevesinde yönetilir. Yönetim Kurulu, Fondan kaynak aktarımı yapılacak projeleri, aktarılacak kaynak tutarını ve harcama programlarını belirler.
(3) Fonun kaynakları 28/3/2002 tarihli ve 4749 sayılı Kamu Finansmanı ve Borç Yönetiminin Düzenlenmesi Hakkında Kanunun 12 nci maddesi çerçevesinde belirlenen esaslara göre değerlendirilir.
(4) Fonun sekretarya hizmetleri Hazine ve Maliye Bakanlığı tarafından yerine getirilir.
(5) Fonun yapısı ve işleyişine ilişkin usul ve esaslar Fon tarafından çıkarılacak yönetmelik ile belirlenir.